- In der Anime Folge 3, wo nur 3 in den Untergrund gehen und Strelizia zu Hilfe eilen muss, wurde umgeschrieben. Im Anime geht Mitsuru mit 002 auf Rettungsaktion. Im Manga ist es Hiro.
- Anime Folge 4 im Manga fehlt der Kampf mit dem Wurm.
- Die Scene wo 2 Mitglieder des Teams, einer Gehirnwäsche unterzogen werden, fehlt.
- Die Scene wo Dr. Franxx zum 2ten mal zur Königin der Klaxosaurs geht, fehlt.
- Der Schluss ist stark gekürzt. Es fehlt die Weltraumschlacht und die Reise zum feindlichen Planeten von 002 + Hiro. Ebenso wie die zurückgebliebnen auf der Erde zurechtkommen wurde umgeschrieben und gekürzt.
Das sind nur einige der Änderungen.
Daneben setzt der Manga deutlich mehr auf Echi als der Anime.
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